OBC 360° |【勘定奉行のOBC】

源泉徴収票の書き方を解説!各項目や源泉所得税の計算方法、作成から発行までの注意点|年末調整 |OBC360° |年末調整システムの奉行Edge 年末調整申告書クラウド |人事・労務クラウドのOBC

作成者: 人事給与|2026年11月04日

源泉徴収票は、年末調整の結果を税務署や従業員に示す重要な法定調書です。給与計算や人事労務・労務管理を担う担当者にとって、各項目の正しい書き方や源泉徴収税額の計算方法、発行までの流れは欠かせない基礎知識といえるでしょう。

本記事では、給与所得の源泉徴収票の記載項目ごとの書き方から、基礎控除・給与所得控除など各種控除の見方、作成方法や発行タイミング、実務で起こりがちなミスの防止策までをわかりやすく解説します。

令和9年1月から変わる提出方法(みなし提出の特例)についても紹介するので、年末調整時の実務にぜひお役立てください。

この記事でわかること
  • 源泉徴収票の種類・記載項目と正しい書き方
  • 源泉徴収税額の計算方法・計算式と控除の種類
  • 源泉徴収票の発行タイミングと基本ステップ
  • 実務でよくある5つのミスと防止策

目次

【令和9年1月からの変更点】源泉徴収票の提出方法

令和9年1月1日以降に提出する源泉徴収票から、税務署への提出方法が大きく変わります。ポイントは次の2つです。

  • 市区町村に「給与支払報告書」を提出すれば、税務署への「給与所得の源泉徴収票」の提出が不要になる(みなし提出の特例)
  • 「給与支払報告書」をeLTAXで一括提出すれば、各受給者の市区町村へ自動で振り分けられる

ここでは、変更点の概要と実務への影響を解説します。

●市区町村に「給与支払報告書」を提出すると、税務署への「給与所得の源泉徴収票」が不要になる

これまで源泉徴収義務者である事業者は、受給者が居住する市区町村へ「給与支払報告書」を提出する必要がありました。併せて、一定の提出範囲に該当する従業員分については、「給与所得の源泉徴収票」を税務署へも提出しなければなりませんでした。

しかし、令和9年1月以降に提出すべき令和8年分以後の源泉徴収票については、市区町村へ給与支払報告書を提出した場合、税務署へ「給与所得の源泉徴収票」を提出したものとみなされます。これにより、税務署提出用の源泉徴収票を別途作成・提出する事務が不要になり、担当者の負担は軽減されます。

年の途中で退職した従業員に係る令和8年分の源泉徴収票についても、令和9年1月1日以後にほかの源泉徴収票とまとめて提出する場合は、この特例の対象です。
ただし、次の点には注意しましょう。

  • 従業員(受給者)へ交付する源泉徴収票は、従来どおり全員分の作成・交付が必要
  • 給与所得の源泉徴収票のみを提出していた事業者は「給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表」の提出も不要になるが、報酬などの支払調書等を提出する場合は、その調書分を記載した合計表の提出が必要
  • 令和9年1月以降に提出する法定調書は、e-Tax等による電子提出義務の判定基準が「100枚以上」から「30枚以上」に引き下げられる

このように、みなし提出の特例は事務負担を軽減する一方で、対応範囲を誤ると交付漏れなどのトラブルにつながりかねないため、変更点を正しく理解しておくことが大切です。

●「給与支払報告書」をeLTAXで一括提出すると、各受給者の市区町村に自動で振り分けられる

給与支払報告書は、従来どおり市区町村ごとに郵送または窓口持参で提出することも可能です。ただし、この方法では従業員の住所地ごとに提出先を仕分けし、市区町村単位で個別に発送しなければなりません。
一方、eLTAX(地方税ポータルシステム)を利用すれば、全従業員分の給与支払報告書データを一括で送信するだけで、システム側が各従業員の住所地情報を基に、提出先となる市区町村へ自動的に振り分けてくれます。

事業者は提出先ごとにデータを仕分ける必要がなく、1回の送信で完結するため、従業員の居住地が全国に分散している企業ほど、この機能の利便性を実感しやすいでしょう。さらに、令和9年1月1日以後(令和8年分以後)にeLTAXで給与支払報告書を提出した場合は「マイナポータル連携」の対象となり、従業員が確定申告を行う際の利便性向上にもつながります。

源泉徴収票とは?

源泉徴収票は法定調書の1つで、次の2種類があります。

  • 給与所得の源泉徴収票:給与を支払った人に対して、1年間の給与収入や源泉徴収税額をまとめて発行する
  • 退職所得の源泉徴収票:退職手当等を支払った場合に発行する

いずれも従業員本人への交付が義務付けられており、収入の証明書類としても使われる重要な書類です。ここでは、それぞれの概要と税務署への提出範囲を解説します。

●給与所得の源泉徴収票とは?

給与所得の源泉徴収票には、年末調整の計算結果がまとめられています。
年末調整は、毎月の給与・賞与などから税金を天引きし、企業が従業員に代わって国へ納付する源泉徴収制度に基づいて行われるものです。源泉徴収票には、企業が従業員に対してどれだけの給与・賞与を支払い、いくら税金を納めたのかという全体像が記載されます。そのため、企業にとっては「年末調整の結果を正確に反映して交付する義務がある重要書類」です。

一方、従業員にとっては、この書類が自身の収入証明になるため、住宅ローンや子どもに関する各種手続きなど、幅広い用途で活用することになります。

なお、給与所得の源泉徴収票は、正社員・パート・アルバイトなどの雇用形態にかかわらず、1年間に給与・賞与を支給したすべての従業員に対して作成します。この作成・交付義務は法人に限らず、従業員を雇用する個人事業主にも課されます。

企業は従業員全員に交付する義務がありますが、税務署への提出は次のような条件に該当する従業員に限られます。
また、令和9年1月1日以降は「源泉徴収票のみなし提出の特例」制度の創設に伴い、源泉徴収票の提出範囲を支払報告書の提出範囲に揃える(年の途中で死亡した者の公的年金等の源泉徴収票を除く。)という改正がなされました。これにより、年の途中で退職した人に対する年間の給与支払金額が30万円以下の場合を除き、すべての給与等の源泉徴収票が提出対象となります。これまでは、年末調整の有無や金額の基準などがありましたが、今後は以下のように変更となります。

【年末調整をした場合】

対象者 提出範囲
【改正前】
提出範囲
【令和9年1月1日以降】
法人の役員 年間給与等が150万超 すべての給与等(年の中途で退職した者に対するその年中に支払った給与等の支払金額が30万円以下である場合を除く)
弁護士・税理士など 年間給与等が250万超
上記以外の従業員 年間給与等が500万超

【年末調整をしていない人】

対象者 提出範囲
【改正前】
提出範囲
【令和9年1月1日以降】
扶養控除申告書を提出した退職者などで年末調整をしていない人 年間給与等が250万超(役員は50万超)で要提出 すべての給与等(年の中途で退職した者に対するその年中に支払った給与等の支払金額が30万円以下である場合を除く)
主たる給与が2,000万円超の人 全額(全員要提出)
扶養控除申告書を提出していない人 年間給与等が50万円超で要提出

出典:国税庁 PDF「源泉徴収票(給与所得・公的年金等)のみなし提出の特例に関する Q&A」
出典:国税庁 PDF「第2 給与所得の源泉徴収票(給与支払報告書)」

●退職所得の源泉徴収票とは?

退職所得の源泉徴収票は、退職手当や一時恩給、その他の退職により一時に受ける給与など(以下「退職手当等」)を支払う場合に発行する書類で、退職手当等の額、源泉徴収した所得税額、勤続年数などが記載されます。

退職手当等にも所得税と住民税がかかりますが、給与や賞与が対象である給与所得とは税額計算の方法が異なる(分離課税制度)ため、ほかの所得と分けて個別に税額を計算します。そのため、従業員が退職するにあたって退職手当等を支給する場合は、給与所得の源泉徴収票と退職所得の源泉徴収票の両方を発行することになります。
※ 詳しくは、コラム「退職所得の源泉徴収票とは?作成時の注意点や取り扱いのポイントを解説」を参照ください。

源泉徴収票の「正しい」書き方

給与所得の源泉徴収票には、主に次の8つの内容を記載します。

  1. 支払を受ける者
  2. 種別~源泉徴収税額
  3. 配偶者・扶養親族の有無など
  4. 特定親族特別控除・社会保険料・生命保険・地震保険・住宅ローン
  5. 控除対象配偶者の氏名など
  6. 控除対象扶養親族の氏名など
  7. 受給者本人の該当事項各欄
  8. 支払者の情報

ここでは、給与計算の担当者が押さえておきたい項目ごとの書き方と、各種控除の基礎知識を順に解説します。

源泉徴収票の作成は、年末調整の結果を反映するだけでなく、従業員の確定申告や行政への報告にも影響する重要な工程です。昨今は、給与システムの進化によって自動作成されることが増えていますが、「システム任せ」で思わぬ記載ミスを起こすケースもあとを絶ちません。源泉徴収票の作成にあたっては、"確認すべきところを知っている"ことが最大のリスク管理となります。

出典:国税庁「F1-1 給与所得の源泉徴収票(同合計表)」

●1. 支払を受ける者

従業員の住所・氏名など、支払を受ける者の情報を記載する欄です。個人番号(マイナンバー)を記載するのは税務署提出用のみで、従業員へ交付する分には記載不要です。受給者番号は、社員番号などで管理していない場合、空欄のままで差し支えありません。

●2. 種別~源泉徴収税額

それぞれ次の内容を記載します。

  • 種別:俸給や給与など、従業員に支払った金額の種別
  • 支払金額:該当年の12月31日までに支払った、源泉徴収などが差し引かれる前の金額(税引前の給与収入)
  • 給与所得控除後の金額:「支払金額」から「給与所得控除額」を差し引いた金額
  • 所得控除の合計額:給与所得控除額を除く、控除額の合計
  • 源泉徴収税額:年末調整によって確定した該当年1年分の所得税額

・給与所得控除額の算出方法

給与所得控除とは、会社員などの給与収入から一定額を差し引ける、自営業者でいうところの「経費」に相当する控除です。控除額は給与等の収入金額に応じて次のように定められており、上限は195万円です。

給与等の収入金額 給与所得控除額 改正後(令和8・9年分)
190万円以下の場合 65万円 74万円
190万超220万円以下 収入金額×30%+8万円
220万円超360万円以下の場合 同左
360万円超660万円以下の場合 収入金額×20%+44万円 同左
660万円超850万円以下の場合 収入金額×10%+110万円 同左
850万円超の場合 195万円 同左

参考:国税庁「No.1410 給与所得控除」
参考:国税庁「No.1411 所得金額調整控除」
参考:国税庁 PDF「源泉所得税の改正のあらまし」

令和8年度の税制改正により、令和8・9年分の最低保障額は、引き上げ後の額(69万円)に特例分の5万円を加算した74万円となります。このため、給与収入が220万円以下の場合は一律74万円が給与所得控除額です。
なお、給与収入が850万円を超える従業員のうち、23歳未満の扶養親族がいる場合や、本人・扶養親族等が特別障害者である場合などには「所得金額調整控除」が適用されます。

控除額は、給与等の収入金額(1,000万円を超える場合には1,000万円)から850万円を差し引いた額の10%です。該当する従業員については、所得金額調整控除を反映したあとの金額を「給与所得控除後の金額」欄に記載します。

・所得控除の概要

基礎控除:合計所得金額が2,500万円以下の場合に適用される控除です。合計所得金額に応じて控除額が変わり、令和8年度の税制改正で次のように引き上げられました。

基礎控除:所得額の合計が2,500万円以下の場合に適用される控除

納税者本人の合計所得金額 基礎控除額 改正後(令和8・9年分) 改正後(令和10年分以後)
132万円以下の場合 95万円 104万円 99万円
132万円超336万円以下の場合 88万円 62万円
336万円超489万円以下の場合 68万円
489万円超655万円以下の場合 63万円 67万円
655万円超2,350万円以下の場合 58万円 62万円
2,350万円超2,400万円以下の場合 48万円 48万円 48万円
2,400万円超2,450万円以下の場合 32万円 32万円 32万円
2,450万円超2,500万円以下の場合 16万円 16万円 16万円
2,500万円超 0円 0円 0円

参考:国税庁 PDF「源泉所得税の改正のあらまし」
参考:国税庁「No.No.1199 基礎控除」

<その他所得控除の概要>

  • 社会保険料控除:健康保険料などを支払った場合に適用される
  • 生命保険料控除:生命保険・介護医療保険・個人年金保険の保険料を支払った場合に適用される
  • 地震保険料控除:地震保険料を支払った場合に適用される
  • 小規模企業共済等掛金控除:小規模企業共済などの掛金を支払った場合に適用される
  • 寡婦控除:配偶者と離婚・死別(生死不明の場合も含む)したあと、その年の12月31日の時点で婚姻をしておらず、合計所得金額が500万円以下で、なおかつ「ひとり親控除」が適用されない女性にのみ適用される
  • ひとり親控除:その年の12月31日時点で婚姻していない人(配偶者の生死が不明の人を含む)で、要件を満たすひとり親に適用される
  • 勤労学生控除:納税者自身が勤労学生の場合に適用される
  • 障害者控除:納税者本人、生計を一にする配偶者、扶養家族のいずれかが障害者と認められる場合に適用される
  • 扶養控除:その年の12月31日(納税者が年内に出国・死亡した場合は、その日)時点で、納税者に扶養親族がいる場合に適用される
  • 配偶者控除:納税者の合計所得金額が1,000万円以下で、一定の要件を満たす配偶者がいる場合に適用される
  • 配偶者特別控除:納税者の所得額の合計が1,000万円以下で、なおかつ配偶者の合計所得金額が58万円超133万円以下の場合に適用される

参考:国税庁「No.1140 生命保険料控除」
参考:国税庁「No.1145 地震保険料控除」
参考:国税庁「No.1170 寡婦控除」
参考:国税庁「No.1171 ひとり親控除」
参考:国税庁「No.1175 勤労学生控除」
参考:国税庁「No.1160 障害者控除」
参考:国税庁「No.1180 扶養控除」
参考:国税庁「No.1191 配偶者控除」
参考:国税庁「No.1195 配偶者特別控除」

●3. 配偶者・扶養親族の有無など

配偶者(特別)控除の額のほか、控除対象扶養親族の数(特定扶養親族・老人扶養親族などの区分別)、16歳未満の扶養親族の数、障害者の数などの有無等を記載します。従業員から提出された「給与所得者の扶養控除等(異動)申告書」や「配偶者控除等申告書」の内容と一致しているか、必ず確認しましょう。

●4. 特定親族特別控除・社会保険料・生命保険・地震保険・住宅ローン

特定親族特別控除とは、特定親族(19歳以上23歳未満で一定の所得要件を満たす親族)を有する納税者が、特定親族1人につき段階的な控除を受けられる制度です。特定親族の合計所得金額に応じて控除額が変わり、最大で63万円の控除が可能です。

社会保険料等の金額は、「給与所得者の保険料控除申告書」に基づき、給与から控除した社会保険料に「国民年金保険料」なども含めた合計額を記入します。小規模企業共済等掛金の額がある場合は、同欄内上段に小規模企業共済掛金の金額を内書きします。

その他、生命保険料の控除額、地震保険料の控除額、住宅借入金等特別控除の額は、従業員から申告された金額(保険料控除申告書や住宅借入金等特別控除申告書の内容)を記載します。なお、住宅ローン控除は住宅の取得だけでなく、増改築等も対象になる場合があります。

●5. 控除対象配偶者の氏名など

控除対象の配偶者がいる場合に記載する欄です。控除対象配偶者の氏名(フリガナ)のほか、配偶者の合計所得金額、基礎控除の額、所得金額調整控除額を記載します。

●6. 控除対象扶養親族の氏名など

控除対象扶養親族および16歳未満の扶養親族がいる場合に、それぞれの氏名などを記載します。記載欄に書ききれない場合は、摘要欄に記載します。

●7. 受給者本人の該当事項各欄

未成年者、外国人、勤労学生、障害者など、受給者本人が該当する区分に〇をつけます。中途就・退職欄は、年の途中で入社・退職するなど該当する事項がある場合に〇をつけ、入社日または退職日の年月日も記載します。転職者については、転職先での年末調整や本人の確定申告にも関わる重要な欄です。併せて、受給者本人の生年月日も記載します。

●8. 支払者の情報

給与の支払者である事業者(源泉徴収義務者)の住所または所在地、氏名または名称、電話番号を記載します。個人番号および法人番号を記載するのは税務署提出用のみで、受給者へ交付する分には記載不要です。
これらの項目は、給与システムによって自動反映されていることが多いですが、誤入力や申告書の確認漏れによって、出力内容が実際と一致しない場合があります。特に中途入社や育休復帰などのイレギュラーなケースでは、年内の支払額が変則的になりやすいため注意しましょう。

源泉徴収票の書き方で間違えやすいポイント

実務上、特に誤記が多いのが「摘要欄」と「控除額」です。特に摘要欄は、人によって書く内容が異なるため、判断ミス・記入漏れが起きやすいのが特徴です。

(例)住宅借入金等特別控除(住宅ローン控除)の適用者が、2年目以降、年末調整で控除を受ける場合

摘要欄に控除内容を明記します。
記入:「住宅借入金等特別控除の額○○円」
このような定型化できない情報については、別担当者による目視確認を必須にする運用がミス防止に効果的です。また、控除額については、控除対象配偶者・扶養親族・保険料控除など、入力済みデータに対する確認工程が抜けがちで、申告内容と反映結果にずれが生じることがあります。

こうしたミスを防ぐには、源泉徴収票の出力前に、申告書類や控除証明書などと照合する工程を設けるのがおすすめです。
詳しい記入方法については、ダウンロードコンテンツ「給与所得の源泉徴収票の書き方」を参照ください。

源泉徴収額の計算方法

源泉徴収税額は、次の流れで確定するのが基本です。

  1. 毎月の給与:国税庁「給与所得の源泉徴収税額表(月額表・日額表)」に当てはめて源泉徴収する
  2. 年末調整:1年間の給与収入から給与所得控除・各種控除を差し引いて年税額を確定し、毎月の徴収額との過不足を精算する

ここでは、税額表の使い方と、担当者が押さえておきたい計算の基本ルールを解説します。

源泉徴収税額は、国税庁が提供している「給与所得の源泉徴収税額表(月額表・日額表)」に基づいて計算します。この税額表は、扶養人数とその月の社会保険料控除後の支給額が交差する欄を確認するだけで、その欄に記載された金額をそのまま源泉徴収税額として使えるようになっています。

<給与所得の源泉徴収税額表(令和8年分)>

出典:国税庁 PDF「令和8年分 源泉徴収税額表」

給与システムは、この税額表に基づいて自動的に源泉徴収税額を算出するため、個別に計算式を使うことは基本的にありません。ただし、制度改正や定額減税などがある年度は、税額が例年と異なるケースもあります。そのため、次のような基本となる計算式やルールについては理解しておく必要があります。

<源泉徴収税額の計算式>

※ 所得税率は、課税所得額(1,000円未満の端数切り捨てで判断)によって変わります。詳しくは こちらを参照ください

<源泉徴収税額の計算に含まないもの(非課税項目)>

  • 月15万円までの通勤手当
  • 出張旅費
  • 業務上の実費精算
  • 弔慰金・退職金・慶弔見舞金なども非課税になるケースあり(死亡退職金については所得税の源泉徴収対象外だが、相続税の対象となり得る)

なお、毎月の源泉徴収税額や年末調整の計算過程は、源泉徴収簿に記録して管理しておくと、源泉徴収票への転記ミスや記入漏れが防ぎやすいです。

クラウド型の給与計算ソフト(給与システム)なら、最新の源泉徴収税額表が自動で反映されるため、システムの設定を手動で変更しなくても、正しい税額を計算できます。調整控除などの制度変更や、定額減税などの一時的な措置が発生した年も、適切に対応可能です。

また、課税・非課税の区分も自動判定するため、基本的にシステムに任せて問題ありません。ただし、新設された手当があるなど、想定外の支給項目がある場合は、ミスを防ぐためにも設定内容を再確認しておくと安心です。

源泉徴収票の発行タイミング

源泉徴収票の発行タイミングは、大きく次の3つです。

  1. 年末調整後(給与所得の源泉徴収票)
  2. 退職時(退職所得の源泉徴収票)
  3. 従業員から依頼された時(確定申告・収入証明など)

それぞれ法定期限や実務上の運用が異なるため、順に確認していきましょう。

●年末調整後

年末調整後に発行するのが「給与所得の源泉徴収票」です。税務署に提出する必要があるため、所得税法で「原則として年末調整を行った年の翌年1月31日まで」と発行期限が定められています。
特に給与所得の源泉徴収票は、法的期限は翌年1月31日ですが、多くの企業では、従業員用は翌年1月に交付するのが一般的です。また、法定期限の1月31日は法定調書合計表や給与支払報告書の提出期限でもあり、年始の短期間に作業が集中しがちです。
なお、給与所得の源泉徴収票についても、退職後に交付が必要な場合があります。年末近くに退職した従業員については、年末調整の対象となるかどうかに応じて、年明けの交付・送付対応が必要になる場合があるためです。そのため、退職時点で連絡先の確認をしておくことが重要です。

●退職時

退職金の支払いがある場合は、「退職所得の源泉徴収票・特別徴収票」を発行します。

これは、退職手当等の額や源泉徴収税額、勤続年数などの情報を記載した書類で、所得税法により、原則として退職の日以後1か月以内に本人へ交付し、市区町村に提出する義務があります。なお、税務署への提出については、翌年1月31日までにその年の分をまとめて提出することも認められています。

●従業員から依頼された時

従業員から確定申告や収入証明書の提出などを理由に依頼された際に発行するケースです。

住宅ローンの審査や賃貸借契約などでは、勤務先が発行する所得の証明書類として、過去数年分の源泉徴収票の提出を求められることもあります。そのため、過去分のデータをすぐに確認・再発行できるよう、給与計算システムなどでの保管・管理体制を整備しておくことが大切です。

源泉徴収票の基本的な流れ

源泉徴収票の発行は、次の5つのステップで進めるのが基本です。

  1. 年末調整結果の確定
  2. 従業員情報と支払データの最終確認
  3. 源泉徴収票の出力・電子化
  4. 記載内容のチェック
  5. 提出・交付と保存対応

発行作業を単なる事務処理として流すのではなく、各ステップの精度を意識して進めることで、ミスやトラブルの防止につながります。

●①年末調整結果の確定

従業員から提出された各種申告書の記載内容を基に、年間所得税額を算出し、毎月源泉徴収してきた税額との過不足を調整します。調整後の税額は、12月給与で「還付」または「追加徴収」します。
※ 年末調整の詳しい流れは、コラム「年末調整とは?担当者が押さえておきたいやり方と手順・注意点【保存版】」を参照ください。

●②従業員情報と支払データの最終確認

年末調整結果の確定後は、対象従業員ごとの給与・賞与・退職金などの支払実績と、それに基づく源泉所得税の金額を突き合わせます。これらの情報を基に、源泉徴収票の「支払金額」「源泉徴収税額」「社会保険料等の金額」欄などを記入することになるため、漏れや記載ミスがないかしっかり確認します。

●③源泉徴収票の出力・電子化

確認が済んだら、給与システムまたは所定のフォーマットを使用して源泉徴収票を作成します。
源泉徴収票は、税務署への提出分と従業員への交付分を同時に作成するのが基本です。給与システムで作成する場合も、手書き用の複写式も、ほとんどが2枚同時に作成できるようになっています。
複写式の場合は4枚複写または3枚複写になっています。源泉徴収票として用いるのは、そのうちの2枚で、3枚目以降は「給与支払報告書」として従業員の居住市区町村に提出します。

●④記載内容のチェック

出力した源泉徴収票は、原則としてダブルチェックを行います。支払金額・社会保険料控除・源泉徴収税額・扶養親族の有無・住宅借入金等特別控除額などの項目は、ミスが発生しやすいため注意しましょう。
摘要欄の記載要否や内容も人によって異なるため、定型化されたルールで一括処理するのではなく、個別の状況に応じた対応が求められます。

●⑤提出・交付と保存対応

源泉徴収票は、税務署に提出するほか、従業員本人にも交付します。いずれも紙で提出・交付するほか、電子対応も可能です。

源泉徴収票を作成する際の注意点

源泉徴収票の作成では、イレギュラーなケースへの対応や、出力・チェック体制の整備が欠かせません。特に注意したいのは、次の5つのポイントです。

  • 中途入社や長期休職者がいる場合
  • 源泉徴収票を出力する際
  • 記載内容チェック時
  • 提出・交付時
  • 法改正時

それぞれの注意点を確認しておきましょう。

●中途入社や長期休職者がいる場合の注意点

たとえば中途入社の場合、前職分の所得はあるか、前職で年末調整を行ったかなどに応じて、摘要欄の処理が変わります。
長期休業中も、給与・賞与などの支払いがあると源泉徴収票が必要になります。社会保険料が免除になっている期間などは、控除額との整合性にも注意しなければなりません。育休や産休、病気による長期休業者への処理対応ではミスが増えやすいため、従業員マスター情報と給与台帳の内容を突き合わせ、記載漏れがないようにしましょう。
拠点や子会社、グループ会社等で異なる給与システムを使用している場合は、CSVデータの項目や税区分の定義が異なるケースがあります。この場合、統合処理の際にデータ不整合が起きやすく、出力後の手修正が増える原因となるため、事前にフォーマットを統一するか、照合ルールを決めるなどの体制を整えておくと、修正リスクを軽減できます。

●源泉徴収票を出力する際の注意点

手書きでもシステム出力でも、作成前にフォーマットが税制改正に対応した最新バージョンか、必ず確認しましょう。旧フォーマットのまま処理すると、控除区分の不整合や摘要欄の記載エラーなどが発生しやすくなります。
また、給与システムで作成する場合、レイアウトや印字設定にも注意が必要です。電子交付する場合は、PDFの文字切れ・ズレなどで従業員から問い合わせが来るケースも多いため、作成段階で出力サンプルを確認しておくことも大切です。

●記載内容チェック時の注意点

数字の誤りだけでなく、空欄や印字ミス、レイアウト崩れなど、テクニカルエラーにも注意が必要です。
昨今はシステムで自動出力できるようになったとはいえ、最終的に人的チェックがなければ信頼性・正確性は担保されません。そのため、人的な確認を入れる工程を発行前に必ず挟んでおくことが大切です。
万が一記載ミスが発覚した場合は、速やかな再発行対応も心がけましょう。

●提出・交付時の注意点

紙で発行する場合、税務署への提出にしても従業員への交付にしても、封入・封緘・手渡し/郵送という物理的な対応が必要になります。何かと忙しい年末年始では、想定以上に時間がかかることもあるでしょう。
また、税務署へは電子申告で提出でき、従業員にも電子交付することができます。
税務署への電子申告は、e-Taxから直接申告するほか、法定調書奉行iクラウドのようなe-Taxと連携している申告システムを利用する方法もあります。法定調書奉行iクラウドを利用すれば、作成から申告・提出までの一連の業務を短時間で完結できます。
従業員に対して電子交付を行う場合は、あらかじめ従業員から明示的な同意を得たうえで、配信手段(メール、Webポータルなど)と保存方法(PDF一括ダウンロードや個別閲覧)を整備します。配信手段には、奉行Edge 給与明細電子化クラウド※のように、毎月の給与明細と同じ仕組みで源泉徴収票も電子配信が可能なサービスがあります。※給与奉行iクラウドとの連携が必要です。

●法改正時の注意点

税制改正によって、控除額や税率が変わる場合があります。

基礎控除や給与所得控除の最低保障額の引き上げ、扶養親族等の所得要件の変更など、年末調整に直結する項目の見直し等が続いています。また、令和9年1月以降は防衛特別所得税の創設に伴う税率調整も予定されており、こうした改正への対応も欠かせません。

改正内容を確認しないまま旧様式・旧税率のままで処理すると、源泉徴収票の金額を誤ってしまう恐れがあります。国税庁が公表する「源泉所得税の改正のあらまし」や年末調整の手引などで、毎年、最新の改正内容をしっかり確認しましょう。

源泉徴収票発行の実務で起こりがちな5つのミスと防止策

源泉徴収票の発行実務では、次の5つのミスが起こりがちです。

  1. 年末調整の反映漏れ
  2. 支払金額・税額など数値項目の誤記
  3. 対象者の漏れや重複発行
  4. マイナンバーの誤表示
  5. 発行の遅延と交付漏れ

限られた期間内に正確な処理が求められる業務だからこそ、ミスを防ぐ体制作りが重要です。ここでは、それぞれの原因と防止策を解説します。

●1.年末調整の反映漏れ

源泉徴収票で最も起こりやすいミスが、年末調整の申告内容が正しく源泉徴収票に反映されていないケースです。原因としては、従業員の提出書類の入力ミスや、給与システムへの控除額の登録漏れなどが考えられます。住宅ローン控除や生命保険料控除の記入漏れ、控除額の誤りなどがあると最終的な税額が変わります。こうしたミスは給与支払報告書にも影響するため、反映漏れがないよう、年末調整の申告内容や給与システムへの入力状況を入念にチェックすることが大切です。

●2.支払金額・税額など数値項目の誤記

給与システムを利用している場合、支給された正しい給与・賞与データが集計されますが、たとえば中途入社の従業員などで、前職の金額を入れ忘れたため給与や賞与の集計が正しく反映できないケースがあります。通年の支給実績が正しく集計されないと、源泉徴収票の支払金額や源泉徴収税額も正しく記載されません。このようなミスを防ぐには、源泉徴収票を出力する前に賃金台帳や給与台帳と給与明細の集計値を突き合わせるクロスチェック工程を設けるのが有効です。

●3.対象者の漏れや重複発行

源泉徴収票の発行対象者が一部漏れていたり、反対に二重に発行してしまったりといった事態も、実務で起こりやすいトラブルとして挙げられます。たとえば長期休業中や育児休業中などで、給与支払いが発生しているかが曖昧になると、処理方法を誤りがちです。源泉徴収票の発行の有無は、「その年に給与支給があったか」が基準です。この基準に沿って対象者をリスト化するなどして、対象外のために年末調整を行わなかった従業員や、休業中の従業員などが漏れていないか確認すると確実です。給与システムで源泉徴収票の提出者を一覧で出力できれば、目視の確認にも活用できます。

●4.マイナンバーの誤表示

従業員用の源泉徴収票にマイナンバーが記載されてしまう誤りも、少数ながら発生しています。マイナンバーを記載すると情報漏えいのリスクにつながるため、従業員交付用には「記載しない」のが基本です。このようなマイナンバーを記載してしまうミスは、多くの場合、給与システムの出力設定が「税務署提出用フォーマット」のままになっていたり、印刷時に区分の選択を誤ったりすることが原因です。印字設定や出力対象の区分が誤っていないかの確認のためにも、出力前には必ずサンプルを1件印刷して内容を確認する、というルールを設けるのが有効です。不要な表示や出力がされないよう、システム設定の確認を徹底しましょう。

●5.発行の遅延と交付漏れ

発行そのものが期限を過ぎたり、一部の従業員に交付できていなかったりするケースも、トラブル例でよく見られます。これは、年末調整からの業務フロー全体が遅延したことが起因となっている可能性があります。このような事態が起こらないようにするには、交付方法の選定(紙か電子か)、交付ルートの整備、従業員のメールアドレス管理なども含めて、その年の年末調整業務を始める段階で「いつ・誰に・どうやって渡すか」の計画を具体化しておくことが肝心です。

源泉徴収票は単なる書類ではなく、従業員との信頼関係を支える重要な情報提供の手段でもあります。ミスが発生した場合、従業員からの問い合わせや再発行の対応に追われ、結果として余計な手間が発生します。よくあるミスのパターンを事前に把握し、業務の初期段階から"ミスをなくす仕組み"を用意しておくことが、結果的に担当者自身の負担を軽減することにつながります。

ミスなく業務を進めるなら年末調整からクラウド化を

源泉徴収票の発行ミスや処理の遅延を防ぐには、年末調整の時点から"いかにスムーズに業務を進められるか"がカギです。提出書類の回収から控除額の集計、入力確認、帳票作成まで、年末調整は手順が多く、年末年始の短期間に業務が集中するため、処理の"前工程"を自動化・可視化しておくことが重要です。しかし、年末調整を紙で運用していると、以下のような問題が発生しやすくなります。

  • 控除申告書の回収遅れにより年調計算が遅れる
  • 提出書類の記入不備や読み取りミスで入力が二度手間になる
  • 入力後に源泉徴収票を出力して初めてミスに気づく(再集計・修正が必要)
  • 修正後の再発行により業務が年明けまでずれ込む

これらはすべて、源泉徴収票の発行フェーズで顕在化しますが、原因の多くは"その前工程"にあります。つまり、年末調整という入口業務を整備できない限り、源泉徴収票の正確な出力やスムーズな交付は実現しないといえるのです。

●年末調整と源泉徴収票の発行業務を電子化することが精度向上・効率化のカギ

こうした状況を抜本的に改善するには、年末調整の申告内容を電子データで受け取るのが有効です。従業員がWeb上で申告内容を入力・提出できる仕組みを整えれば、提出状況のリアルタイム確認や不備の即時修正が可能になり、業務全体の効率化と精度向上が飛躍します。

また、年末調整と源泉徴収票の処理がデータ連携されていれば、入力漏れや転記ミスのリスクも抑えられます。多くのクラウドサービスでは、出力形式も標準化されているため、マイナンバーの印字設定ミスなども未然に防ぎやすくなります。

たとえば、給与奉行iクラウドの場合、年末調整申告書の保険料や配偶者などの情報を入力するだけで、過不足税額が自動計算され、源泉徴収票も自動で作成されます。制度改正があれば自動でプログラムが更新されるため、常に正しい税率で計算が可能です。

また、奉行Edge 年末調整申告書クラウドと連携すれば、年末調整申告書の情報を自動で反映できるため、入力の手間がなくなり、短時間で簡単かつ正確に年末調整計算まで自動化することができます。奉行Edge 年末調整申告書クラウドには、従業員が正確に申告できるさまざまなサポート機能が搭載されているため、計算ミスや申告ミスを防ぎ、担当者の検算・確認作業も効率的に進められます。

おわりに

源泉徴収票をミスなく発行するには、年末調整の計算結果を正確に反映することはもちろん、各項目の書き方や各種控除の内容、法改正の動向といった基礎知識を担当者が押さえておくことが欠かせません。

特に令和8年度の税制改正では基礎控除や給与所得控除の見直しが行われ、令和9年1月からは、市区町村への給与支払報告書の提出をもって税務署への源泉徴収票の提出が不要になるなど、実務への影響が大きい変更が続きます。

エクセルや手書きでの作成・管理には限界があるため、年末調整から源泉徴収票の作成・交付・提出までを一気通貫でデジタル化できる仕組みを整えることが、正確性と効率化の両面で有効です。

給与奉行iクラウドなら、年末調整の自動計算から源泉徴収票の自動作成まで対応し、法改正時もプログラムが自動更新されるため、常に最新の制度に沿った給与計算が可能です。奉行Edge 年末調整申告書クラウドと連携すれば申告書の回収・入力の手間を大幅に削減でき、さらに奉行Edge 給与明細電子化クラウドを利用すれば、毎月の給与明細と同じ仕組みで源泉徴収票の電子交付も実現できます。さらに、法定調書奉行iクラウドも併せて利用することで、給与奉行iクラウドと連携して法定調書合計表や給与支払報告書を自動作成でき、サービス上からそのまま電子申告まで行えます。
源泉徴収票は従業員にとって大事な書類だからこそ、この機会に年末調整からのクラウド化を検討し、生産性と正確性の向上に取り組んではいかがでしょうか。

給与奉行iクラウド
奉行Edge 年末調整申告書クラウド
奉行Edge 給与明細電子化クラウド
法定調書奉行iクラウド

源泉徴収票の書き方についてよくある質問

パートやアルバイトでも源泉徴収票の発行は必要?

必要です。給与所得の源泉徴収票は、正社員・パート・アルバイトなど雇用形態にかかわらず、1年間に給与・賞与を支払ったすべての従業員に対して作成・交付する義務があります。年収が少なく源泉徴収税額が0円の場合や、扶養の範囲内で働く従業員であっても交付が必要です。

一方、税務署への提出については、令和9年1月以降は、年の途中で退職した人に対する年間の給与支払金額が30万円以下の場合を除き、すべての給与等の源泉徴収票が提出対象となります。これは、市区町村への給与支払報告書の提出をもって税務署へ提出したものとみなされる「源泉徴収票のみなし提出の特例」に伴い、源泉徴収票の提出範囲を支払報告書の提出範囲に揃える(年の途中で死亡した者の公的年金等の源泉徴収票を除く)という改正によるものです。

退職者の源泉徴収票には何を記載する?

退職者には、その年の1月1日から退職日までに支払った給与・賞与について「給与所得の源泉徴収票」を交付します。支払金額や源泉徴収税額、社会保険料等の金額のほか、中途退職欄に印をつけ、退職日の年月日を記載します。

年末調整をしていない場合は、「給与所得控除後の金額」や「所得控除の額の合計額」の欄は空欄とし、転職先での年末調整や本人の確定申告に使用できるようにします。また、退職手当等を支払った場合は、退職手当等の額・源泉徴収税額・勤続年数などを記載した「退職所得の源泉徴収票」も併せて発行し、原則として退職の日以後1か月以内に交付します。

源泉徴収票はいつまでに作成して従業員へ渡す?

給与所得の源泉徴収票は、所得税法により、原則として年末調整を行った年の翌年1月31日までに交付することが定められています。実務上は、翌年1月に従業員へ交付する企業が一般的です。

退職者に対しては、退職の日以後1か月以内に交付する必要があり、退職所得の源泉徴収票も同様です。法定期限である1月31日は、給与支払報告書などの提出期限とも重なって業務が集中しやすいため、12月中に作成からチェックまでを終わらせておく運用がおすすめです。

関連リンク

こちらの記事もおすすめ