【2026年10月税制改正】インボイス制度の特例措置の変更点と対応策についてわかりやすく解説

【この記事でわかること】

• 現行のインボイス制度の特例措置の内容（2割特例・仕入税額控除の経過措置・少額特例）と適用期限
• 2026年10月からのインボイス制度の特例措置の変更点（3割特例の新設・仕入税額控除割合の段階的変更）
• 経過措置期間中の仕入税額控除の計算方法と適用期間別のシミュレーション例
• インボイス制度の特例措置改正が中小企業の納税額・経理業務に与える影響
• 2026年10月の改正に向けて今から取り組むべき具体的な対応策

目次

• 【2026年9月30日まで】現行のインボイス制度の特例措置
• 2026年10月の改正でインボイス制度の特例措置は何が変わる？
• 経過措置期間中の仕入税額控除の計算方法
• インボイス制度の特例措置変更による中小企業への影響
• 2026年10月のインボイス制度の特例措置改正への対応策
• インボイス 2026年改正に向けて中小企業が確認しておきたい実務対応
• 2026年10月のインボイス制度の変更点に関するよくある質問

【2026年9月30日まで】現行のインボイス制度の特例措置

現行のインボイス制度には、制度開始による事業者負担を軽減する目的で、3つの特例措置が設けられています。主な内容は次のとおりです。

それぞれ対象者や適用期限が異なるため、ここでは各特例の内容と経理実務を行ううえで確認しておきたい点を整理します。

●2割特例

2割特例は、インボイス制度の開始を機に、免税事業者から課税事業者に転換した「新規インボイス登録事業者」を対象とする特例措置です。制度開始直後の負担軽減策として設けられ、売上税額の2割を納付税額として計算できます。
すべての新規課税事業者が利用できる制度ではなく、インボイス登録前の事業形態など、一定の要件を満たす必要があります。適用期限は2026年9月30日までの日の属する課税期間までですが、法人は事業年度単位で申告を行うため、決算期によって終了時期が異なる場合があります。終了後は、簡易課税または本則課税を選択して申告する流れとなります。

●仕入税額控除の経過措置

仕入税額控除の経過措置は、インボイス未登録の免税事業者から仕入れを行った場合でも、一定割合の仕入税額控除を認める制度です。2026年9月30日までは、仕入税額相当額の80％を控除できます。
控除の割合が段階的に縮小される仕組みとなっており、2026年10月1日以降は、控除の割合が段階的に引き下げられる予定です。そのため、免税事業者との取引がある企業では、どの仕入れが経過措置の対象となるかを区分して管理する必要があります。

●少額特例

少額特例は、一定の要件を満たす事業者について、税込1万円未満の課税仕入れであれば、インボイスの保存がなくても仕入税額控除を認める措置です。小口取引が多い企業の事務負担を軽減する目的で設けられています。
ただし、適用対象となるのは基準期間における課税売上高が1億円以下の事業者などであり、売上規模に関係なく利用できる制度ではありません。2029年9月30日までの時限措置として運用されています。

2026年10月の改正でインボイス制度の特例措置は何が変わる？

2026年10月以降、インボイス制度の特例措置は段階的に見直される予定です。主な変更内容は次のとおりです。

ただし、3割特例は個人事業者のみを対象としており、経過措置についても、当初想定されていた控除割合や適用期間から変更が行われる予定であるため、自社への影響を確認しながら対応を進める必要があります。ここでは、改正内容と実務上確認しておきたい点を整理します。

●2割特例が終了し、個人事業者のみ適用可能な3割特例が新設

2割特例は、2026年9月30日までの日の属する課税期間をもって終了する予定です。これまで2割特例を利用していた事業者は、その後、簡易課税または本則課税を選択して申告する流れとなります。
一方で、2026年10月の改正では、個人事業者を対象とした「3割特例」の創設が予定されています。この3割特例は、2027年分および2028年分の消費税確定申告において、納付税額を売上税額の3割として計算できる措置です。
ただし、法人は対象外である点に注意が必要です。

出典：国税庁「インボイス経過措置の見直し等」

簡易課税制度は、実際の仕入税額を個別に計算せず、みなし仕入率を用いて消費税額を計算できる制度です。2割特例または3割特例の適用後に簡易課税を選択する場合は、「消費税簡易課税制度選択届出書」の提出が必要となります。
通常は、適用を受けたい課税期間の開始日前日までに提出しますが、2割特例・3割特例の適用を受けた翌課税期間については、申告期限まで提出可能とする特例措置が設けられています。
なお、「2割特例」の適用を受けた課税期間の翌課税期間が、令和8年（2026年）9月30日以前に終了する課税期間である場合は、その課税期間の末日までとなります。

●仕入税額の8割控除が7割・5割・3割の段階的な措置に見直し

仕入税額控除の経過措置についても、2026年10月をもって、新たなスケジュールが適用される予定です。現行制度では「80％→50％→0％」の3段階で控除割合が縮小する仕組みですが、改正後は「80％→70％→50％→30％→0％」の5段階に移行するとされています。また、経過措置の適用期間も2年間延長される予定です。

改正後は、各段階における控除割合の引き下げ幅が現行制度よりも小さくなるため、急激な税負担の増加を回避しながら対応できる仕組みとなっています。経過措置の適用期間も延長されるため、免税事業者との取引や仕入税額控除の管理体制を見直すための期間を確保しやすくなると考えられています。

また、適格請求書発行事業者以外の事業者からの課税仕入れについては、その年または事業年度の累計額が1億円（改正前：10億円）を超える部分は、経過措置の適用対象外となる予定です。そのため、免税事業者からの仕入額を継続的に集計し、控除割合ごとに管理する運用が求められます。会計システム上でも、累計額管理や複数税区分への対応状況を確認しておくことが前提となります。

●特定金属くず特例の創設

2026年改正では、「特定金属くず特例」の創設が予定されています。これにより、金属盗対策法に基づく届出を行った特定金属くず買受業者が適格請求書発行事業者ではない相手方から特定金属くずを買い受ける場合には、一定事項を記載した帳簿の保存などを要件として、仕入税額控除が認められる予定です。
対象となる取引では、本人確認書類による確認や、取引記録・帳簿への必要事項の記載が求められます。そのため、制度対象となる事業者は、取引先管理や保存書類の運用ルールを見直しておく必要があります。

経過措置期間中の仕入税額控除の計算方法

経過措置期間中の仕入税額控除は、免税事業者からの仕入額に控除割合を掛けて計算します。ただし、以下の点に注意が必要です。

ここでは、基本となる計算式と、控除割合ごとの控除額・自己負担額の変化について整理します。

●基本となる計算式

経過措置期間中の控除可能額は、免税事業者等からの課税仕入れに係る消費税額に、各期間の控除割合を掛けて計算します。基本となる計算式は次のとおりです。

たとえば、免税事業者から110,000円（税込・標準税率10％）の仕入れを行った場合、消費税相当額は10,000円です。経過措置期間中の控除割合が80％であれば、「10,000円×80％＝8,000円」が仕入税額控除の対象となります。
一方、残りの2,000円は控除対象外となるため、実質的な費用負担として計上する必要があります。控除できなかった消費税相当額は、込経理・税抜経理の採用状況や取引内容により異なります。経費・棚卸資産・固定資産の取得価額等に反映される場合もあるため、会計処理方針を確認しましょう。
同じ例で、控除割合が70％の期間では控除額は7,000円となり、控除できない金額が3,000円に増加します。控除割合が下がるほど、仕入税額控除として差し引ける金額も少なくなるため、免税事業者との取引額が大きい企業ほど、納付する消費税額への影響が大きくなります。

●適用期間別の計算例

年間330万円（税込・標準税率10％）の仕入れを行った場合のシミュレーションとして、控除割合ごとの控除額と自己負担額を示します。消費税相当額は30万円です。

また、軽減税率対象取引が含まれる場合は、標準税率10％と軽減税率8％を区分して計算する必要があります。それぞれの消費税額に控除割合を掛けた金額の合計が仕入税額控除の対象となるため、税率ごとの集計や税区分管理を行う必要があります。

インボイス制度の特例措置変更による中小企業への影響

2026年10月以降のインボイス制度の改正では、特例措置の終了や経過措置の変更によって、中小企業の税務・経理実務にも影響が及ぶと考えられています。主な影響は次のとおりです。

特に法人は3割特例の対象外となるため、課税方式や経理体制の見直しを含めて対応を検討する必要があります。ここでは、納税面と経理業務面への影響を整理します。

●納税額の増加

2割特例を適用していた事業者は、制度終了後に簡易課税または本則課税に切り替えて消費税を申告する必要があります。2割特例では、売上税額の2割を納付税額として計算できましたが、終了後は通常の計算方法に基づいて納税額を算定します。
そのため、2割特例適用時と比べると、納税額が増加しやすくなります。特に法人は3割特例の対象外であるため、2割特例終了の影響を直接受けやすいといえるでしょう。
また、免税事業者からの仕入れが多い企業では、控除できない消費税相当額が増加し、資金繰りに影響する可能性もあります。簡易課税と本則課税のどちらを選択するかによって納税額が変わるため、事業内容や仕入構成を踏まえて検討しておくことが重要です。特例終了後は、申告時の納税額だけでなく、資金繰りへの影響も踏まえて準備を進める必要があります。

●経理業務の負担増加

2割特例終了後は、仕入取引ごとの税区分確認やインボイス保存状況のチェックが日常業務として発生します。免税事業者との取引については、経過措置の控除割合に応じた区分管理も必要です。
また、経過措置が5段階に細分化されることで、複数の控除割合を前提とした税区分管理や集計作業も発生します。軽減税率対象取引がある場合は、税率ごとの区分計算も必要となるため、税区分設定や集計方法を見直す必要があります。
本則課税を選択する場合は、仕入税額控除の計算に必要な管理も行わなければなりません。さらに、インボイスの保存管理や記帳内容の確認作業も増加します。会計システムも、複数税区分への対応や集計方法を確認したうえで運用する必要があります。

2026年10月のインボイス制度の特例措置改正への対応策

2026年10月以降のインボイス制度改正では、特例措置の終了や経過措置の変更に伴い、課税方式や経理実務の見直しが必要となります。特に、2割特例を利用していた事業者には、制度終了後の納税額や事務負担の変化を見越した対応が求められます。主な対応策は次のとおりです。

また、経過措置が5段階に細分化されることで、従来予定されていたよりも税区分管理や集計作業が複雑になります。ここでは、2割特例終了後を見据えて、中小企業が確認しておきたい対応策を整理します。

●取引先との交渉・確認を行う

免税事業者との取引を継続する場合は、控除できない消費税相当額をどのように負担するかを整理しておくことが前提となります。取引条件によっては、価格改定や負担割合について協議する場面も発生するでしょう。
また、取引先に対してインボイス登録や課税事業者への転換を依頼するケースも考えられます。ただし、一方的な値引き要求や取引条件の変更は、独占禁止法や取適法（旧下請法）に抵触するおそれがあるため、双方で協議しながら進めることが重要です。
仕入先構成を見直す場合は、税負担だけで判断するのではなく、品質・納期・継続的な供給体制なども含めて総合的に検討することが求められます。

●中長期的な資金計画を見直す

2割特例終了後の納税額の増加を見越して、納税資金への影響を事前に試算しておきましょう。特に、免税事業者との取引割合が高い企業では、控除できない消費税相当額の増加が利益計画に影響するケースもあります。
また、価格転嫁を行うか、経費削減によって対応するかなど、収支全体を踏まえた検討も必要です。さらに、設備投資や借入返済が重なる時期についても、納税資金を含めた中長期的な資金計画として確認しておくことが求められます。

●簡易課税制度と本則課税どちらが自社に適しているか確認する

2割特例の適用期間終了後は、簡易課税または本則課税のいずれかを選択する必要があります。簡易課税制度は、みなし仕入率を用いて納税額を計算するため、一般的には事務負担を抑えやすい制度とされています。
一方、本則課税は実際の課税仕入れに基づいて仕入税額控除を計算するため、設備投資や課税仕入れが多い場合には納税額を抑えられることがあります。どちらにするかは、自社の売上構成や仕入内容を踏まえ、有利不利を判断することが前提となります。また、簡易課税制度を利用する場合は、届出書の提出期限も確認しながら対応を進めなければなりません。さらに、簡易課税制度は一度選択すると2年間の継続適用が必要であり、適用期間中に多額の設備投資が生じても消費税の還付を受けることができないため、選択前に設備投資計画や今後の仕入構成を含めて確認しておくことが重要です。

●経理・会計システムを見直す

経過措置が5段階に細分化されることで、控除割合や適用期間ごとの税区分管理・集計作業が複雑になります。そのため、会計システムが改正後の経過措置に対応できるか、事前に確認しておく必要があります。
たとえば、控除割合の年度別設定や、経過措置対象取引の自動判定機能などが搭載されているかによって、実務負担は大きく変わります。必要な機能が不足している場合は、手作業による集計や確認作業を行わなければならず、入力ミスや集計漏れにつながるリスクが高まります。また、システム対応だけでなく、税区分設定や入力ルールを社内で統一しておくことも必要です。

インボイス 2026年改正に向けて中小企業が確認しておきたい実務対応

2026年10月以降のインボイス制度改正では、2割特例の終了や経過措置の細分化によって、納税額や経理業務に影響が生じると考えられています。特に、免税事業者との取引が多い企業では、控除割合の管理や納税資金への対応を含めて、事前準備を進めておくことが重要です。
また、簡易課税か本則課税かの選択によって納税額や事務負担が変わるため、自社の売上構成や仕入内容を踏まえながら検討しておくことが求められます。経過措置が5段階に細分化されることで、税区分管理や集計作業も複雑になるため、会計システムや社内運用ルールの見直しも含めて対応を進めておきましょう。
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制度改正後の実務負担増加を見据え、自社の運用体制と併せて導入を検討してみてはいかがでしょうか。

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2026年10月のインボイス制度の変更点に関するよくある質問

インボイス制度は2026年10月に何が変わる？

2026年10月の税制改正によって、2割特例の終了や仕入税額控除の経過措置の見直しなど、インボイス制度の特例措置が変更される予定です。
個人事業者向けに3割特例の創設が予定されている一方、法人は3割特例の対象外となるため、簡易課税または本則課税を選択して対応を進めることになります。

2026年10月の税制改正で2割特例はどうなる？

2割特例は、2026年9月30日を含む課税期間をもって終了します。法人については、終了後は簡易課税または本則課税へ移行します。
一方、個人事業者については3割特例が設けられ、2026年10月1日以後に始まる課税期間から適用される予定です。

仕入税額控除の経過措置はどう変わる？

仕入税額控除の経過措置は、改正前に比べて控除割合をより細かく段階的に引き下げる仕組みに変更される予定です。改正後は、「80％→70％→50％→30％→0％」と段階的に控除割合が縮小され、適用期間も延長されます。
そのため、免税事業者との取引がある企業では、控除割合ごとの税区分管理や集計方法の見直しが必要です。経過措置が5段階に細分化されることで、従来よりも税区分管理が複雑になると考えられています。

経過措置の適用を受けるには申請が必要？

経過措置の適用を受けるために、税務署への事前申請は必要ありません。ただし、仕入税額控除を受けるためには、経過措置の対象となる取引であることを確認できる帳簿や請求書等を保存しておく必要があります。

簡易課税と本則課税はどちらが良い？

簡易課税と本則課税のどちらが有利になるかは、売上構成や仕入内容、設備投資の有無などによって異なります。簡易課税は、みなし仕入率を用いて納税額を計算するため、一般的には事務負担を抑えやすい制度とされています。
一方、本則課税は実際の課税仕入れに基づいて仕入税額控除を計算するため、課税仕入れや設備投資が多い場合には納税額を抑えられるケースがあります。制度変更後は、自社の事業内容や今後の投資計画を踏まえて判断することが重要です。

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